中華民國行政院海岸巡防署（以下簡稱海巡署）因中央政府行政機關之重組而面臨立即的重行定向。自2000年1月28日設立起，海巡署在行政院（或稱內閣）中一直享有部級機關之位階，但其組織法在2015年6月16日經立法院（或稱國會）修正在案， 隨此組織法的修正，還有三個新的組織法於同日經國會三讀通過，分別是「海洋委員會組織法」 、「海洋委員會海洋保育署組織法」 及「國家海洋研究院組織法」 。雖然此四部組織法均在2015年7月1日經總統明令公布，但只有海洋委員會組織法及海巡署組織法經行政院於2016年1月8日令公告於2016年7月4日施行之， 隨後於2016年6月30日行政院再以命令方式公告前令作廢， 使得此二機關設置或改制之日期變得不確定。但，有一件事可以確定的是，只要行政院中出現海洋專責機關，不論其為海洋委員會或海洋部，海巡署都有可能由原部級機關被降階為「行政院三級機關」， 成為海洋專責機關之下屬機關。